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全基因组甲基化测序
全基因组甲基化测序
产品名称及编号:YMFW-106
◇ 产品介绍 ◇
DNA甲基化是一种表观调控修饰,它在不改变碱基序列的情况下调控基因表达和染色质重塑。
全基因组甲基化测序是利用亚硫酸氢盐处理基因组DNA使未甲基化修饰的胞嘧啶C转化为尿嘧啶U,
通过二代测序技术(NGS)结合全基因组数据分析,提供全基因组甲基化模式。
全基因组甲基化测序可以从基因组水平实现单碱基分辨率、高精确度甲基化水平分析,从而比较不同细胞、组织、疾病样本间的DNA甲基化修饰模式差异,广泛应用于动植物研究领域和人类健康与疾病治疗等研究领域。

通量高

灵敏度高

不受物种限制

◇ 技术路线 ◇
图1.全基因组甲基化测序技术路线
◇ 样品要求 ◇
◇ 文库构建策略 ◇

亚硫酸盐转化

PE150测序

◇ 生物信息 ◇
◇ 项目运转周期 ◇
样品质检合格开始计算,完成标准分析约30工作日。
◇ 案例解析 ◇

《DNA methylation in mice is influenced by genetics as well as sex and life

期刊名称:Nature Communications
影响因子:12.35
发表年份:2019.01
研究背景:

胞嘧啶甲基化是哺乳动物最常见的DNA修饰形式。体细胞增殖过程中,甲基化模式的维持是亲子代细胞表观遗传的基础。而在生殖细胞和胚胎早期发育过程中,DNA甲基化会发生大规模的重编程。DNA甲基化对胚胎正常发育和等位基因的选择表达至关重要。有证据表明DNA甲基化模式在某种程度上受遗传控制,暗示了子女和父母之间存在相似的甲基化模式。

 

取材:

小鼠C57BL/6N 和C3H/HeN以及正反交F1后代。

 

高通量测序:

全基因组甲基化测序,30-35X。

 

生信分析:

全基因组甲基化水平分布趋势分析;差异性甲基化区域(DMRs)分析。

 

研究结果:

不同小鼠基因型C57BL/6N 和C3H/HeN的DNA甲基化差异位点有数千个,并且这些差异位点在F1后代是保守的。
比较不同性别小鼠的常染色体DNA甲基化模式,发现数百个不同的甲基化区域。
比较不同生活经历(妊娠史)的小鼠,发现CpG甲基化模式仅限于有后代的雌性小鼠。

 

图2. DNA甲基化模式在F1后代的亲本等位基因上重演。

研究结论:

这些结果证明了跨代CpG甲基化的稳定性,表明了CpG甲基化可能是生物体内对生命事件的表观遗传记录。

 

参考文献:

Grimm S, Shimbo T, Takaku M, et al. DNA methylation in mice is influenced by genetics as well as sex and life experience. Nature Communications. 2019, 10: 305, https://doi.org/10.1038/s41467-018-08067-z.