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产品名称及编号:YMFW-103
◇ 产品介绍 ◇
全基因组重测序(Whole-genome sequencing,WGS)是全面分析基因组的方法,解读基因组上的变异信息,预测该变异信息与疾病的关联性。元码公司利用Illumina测序平台,全面扫描基因组上的变异信息,一次性挖掘基因组的SNP/InDel/CNV/SV等各类变异,并在个体或群体水平上进行生物信息分析,准确性高、可重复性好、定位精确,已被广泛应用于疾病、癌症的基因组研究,为研究发病及遗传机制提供重要信息。
元码基因拥有强大生信分析能力,依托元码多年积累的正常中国人群基因组数据库、肿瘤数据库和药物基因组数据库,能够满足客户多样化的科研需求。

准确性高

PE150测序

定位精确

◇ 技术路线 ◇
图1.全基因组测序技术路线
◇ 样品要求 ◇
◇ 文库构建策略 ◇

小片段文库

PE150测序

有效测序深度≥30X

◇ 生物信息 ◇
◇ 项目运转周期 ◇
样品质检合格开始计算,完成标准分析约30工作日。
◇ 案例解析 ◇

《多发性同步肺癌的基因组异质性》

期刊名称:Nature Communications.
影响因子:13.93
发表年份:2016
研究背景:

近年来随着CT技术的进步和癌症筛查的普及,多发性同步肺癌(multiple synchronous lung cancer,MSLC)患者数量呈现上升趋势。MSLC包括卫星结节、血液扩散性肺转移、多原发灶肺癌(multiple primary lung cancers, MPLC)。其中MPLC与肺内转移癌及复发癌的临床治疗以及预后截然不同。然而,关于MPLC的克隆起源仍存在争论。它是由不同独立的的祖先细胞产生,还是由单一的克隆事件导致肿瘤随后扩散值得更进一步研究。

 

研究方法:

取材:六位MSLC患者多原发灶,每位取2-3个肿瘤样本。
测序:全基因组测序,≥30X。
分析:突变位点分析,APOBEC突变特征分析等。

 

研究结果:

◎通过对MSLC患者进行基因组分析,表明了不同患者的病理分型尽管一致,但他们的基因组存在异质性。
◎尽管同一病人遗传背景一致,环境一致,但不同灶之间的基因组也存在异质性。
◎转移灶与溯源灶的基因组虽不完全相同,但突变基因的重叠性较高。

 

图2. 基于体细胞突变分析的MSLC患者不同病变之间的相似性

研究结论:

在相同的遗传背景和环境暴露的背景下,同一个体中不同的肺癌可能具有不同的基因组谱,并可能由不同的分子事件驱动。

 

参考文献:

Liu et al., (2016) Genomic heterogeneity of multiple synchronous lung cancer. Nature Communications. DOI: 10.1038/ncomms13200.