《单细胞转录组揭示乳腺癌微环境中的免疫细胞表型谱》

免疫系统与肿瘤的发生发展息息相关，针对CTLA-4 和PD-1 的免疫疗法已经在部分黑色素瘤、肺癌和肾癌亚型的治疗中取得了成功，且治疗效果与患者个体免疫细胞组成相关。肿瘤组织免疫细胞转录组研究，尤其是单细胞转录组研究已经在肺腺癌和肾透明细胞癌中展开了研究。乳腺癌做为一种常见肿瘤，也存在高度异质性，了解其肿瘤微环境中的免疫细胞状态，对了解乳腺癌的发展和免疫疗法的机制必不可少。

材料：来自8个原发性乳腺癌患者的 47016个CD45+ 细胞（包括肿瘤、癌旁、淋巴结和血液）。
测序：单细胞转录组（NextSeq）、V(D)J （HiSeq 2500），PE150。
分析：表达谱分析及免疫组分析

总共鉴定出83个不同的免疫细胞簇，包括38个T细胞簇、27个骨髓谱系细胞簇、9个B细胞簇和9个自然杀伤细胞簇。尽管在肿瘤样本中的表型往往不同，但大多数的细胞簇不止一名患者共有的。
尽管T细胞和骨髓谱系细胞在肿瘤和正常组织之间表现出相当大的重叠，但在肿瘤中可以看到表型异质性增加和细胞群体扩增。
TCR和 RNA-seq配对数据分析显示，相比于正常组织，TCR表型扩增往往发生在乳腺癌微环境中。

图2. 摘要图示

对分选出的免疫细胞进行单细胞转录组测序，共鉴定出83个细胞亚群。其中包括T细胞亚群、B细胞亚群、自然杀伤细胞亚群等。比较肿瘤和正常组织中免疫细胞的表达谱结果发现，两者之间的免疫细胞表达谱具有显著的相似性，但肿瘤免疫细胞观察到特异的表型扩增。对27000多个T细胞的TCR信息和对应的基因表达谱信息进行分析，揭示了TCR组合使用对表型多样性变化的影响。该研究结果有助于了解免疫细胞在肿瘤中的作用机制。

Azizi E, Carr AJ, Plitas G. et al. Single-cell Map of Diverse Immune Phenotypes inthe Breast Tumor Microenvironment. Cell. 2018 Aug 23;174(5):1293-1308.