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mRNA-seq转录组测序
产品名称及编号:YMFW-101
◇ 产品介绍 ◇
转录组代表细胞或组织内全部的RNA转录本,反映不同生命阶段、不同组织类型、不同生理状态以及不同环境条件下表达的基因。
转录组研究可以从整体水平上反映细胞中基因表达情况及其调控规律,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理。
转录组测序即RNA-seq是最近发展起来的基于新一代测序进行转录组分析的技术。
RNA-seq技术具有通量高、灵敏度高及不受物种限制等优点,通过RNA-seq可以获得RNA的表达量, 发现新的转录本等,
目前已广泛应用于生物学研究、医学研究、临床研究和药物研发等领域。

通量高

灵敏度高

不受物种限制

◇ 技术路线 ◇
图1.转录组测序技术路线
◇ 样品要求 ◇
◇ 文库构建策略 ◇

polyA富集mRNA

PE150测序

◇ 生物信息 ◇
◇ 项目运转周期 ◇
样品质检合格开始计算,完成标准分析约30工作日。
◇ 案例解析 ◇

《三阴性乳腺癌的基因组和转录组:亚型和治疗策略》

期刊名称:Cancer Cell
影响因子:22.844
发表年份:2019.03
研究背景:

三阴性乳腺癌是乳腺癌中恶性程度最高的一种,并且目前三阴性乳腺癌只能依靠化疗,并且治疗效果不佳,这是乳腺癌学界的一道世界性难题。越来越多的研究表明,三阴性乳腺癌可能并不是单一的类型,其有哪些亚型,在此前国际上所有的三阴性乳腺癌研究课题中都没有给出明确的答案。本研究旨在获得三阴性乳腺癌的基因图谱,进行分子分型,为精准治疗提供参考。

 

研究方法:

样本材料:360个三阴性乳腺癌肿 瘤组织样本
高通量测序:去除核糖体RNA测序,Illumina HiSeq平台
生信分析:无监督聚类分析;基因富集分析等。

 

研究结果:

使用无监督的k均值聚类方法将360个肿瘤分为4个独立的亚型:免疫调节型(IM)、腔面雄激素受体型(LAR)、基底样免疫抑制型(BLIS)、间质型(MES)。

 

图2 mRNA亚型的表达热图

基于mRNA的TNBC的亚型分类对TCGA数据进行分析,与TCGA的TNBC患者相比,中国患者的LAR亚型患病率较高(23%)。

图3 中国和TCGA中的三阴性乳腺癌的mRNA亚型的分布

将4种mRNA亚型结合淋巴结状态和肿瘤大小进行预后分析,结果显示IM相对于BLIS有明显更好的预后(风险比:0.34; 95%置信区间:0.13-0.85; p = 0.021)。

图4 中国和TCGA中的三阴性乳腺癌的mRNA亚型的分布

研究结论:

中国三阴性乳腺癌分为4种类型,IM、LAR、BLIS、MES。这是国际上首次基于多维大数据系统提出的三阴性乳腺癌分类标准,这为寻找到三阴性乳腺癌的靶点指明了新的方向。

 

参考文献:

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