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首次报道华人4个EGFR靶向药物相关新位点!元码基因入选AACR最新突破进展

2017-04-12 公司新闻   作者: 未知

编者按:

2017年美国癌症研究会(AACR)年会于4月1日-4月5日在美国首都华盛顿召开,在最新突破性进展展示中,元码基因针对中国500例NSCLC患者的研究成果受到了高度关注,我们的研究首次报道了在中国人中发现的4个EGFR新突变位点,这些位点被认为与EGFR的靶向药物的敏感性及耐药相关。

目录:

  1. 研究背景

  2. 研究过程

  3. 研究数据和结果

  4. 研究总结

  5. GENEIS现场展示

 (一)研究背景

肺癌是癌症中发展最为迅速的疾病之一,多年位居中国肿瘤新发率和死亡率第一。对于最主要的非小细胞肺癌(NSCLS)患者,进行驱动基因突变检测(EGFR、KRAS等)在治疗和预后是有益的。然而,东亚和欧洲/美洲的驱动基因突变和频率都有所不同,关于稀有突变的报道更为稀少。

(二)研究过程

为了发现与验证中国NSCLC患者中与药物相关的EGFR罕见突变,以提升个性化治疗的可能性。研究人员采用二代测序、生物信息学分析、数字PCR、分子生物学等技术进行了研究。

为此,元码基因研究团队基于“HotSpot3D”开发了一种新的临床分析基因组数据的计算工具,称为“GENEIS-3D”,该算法可以结合药物作用位点、基因突变、蛋白质空间结构等信息对突变位点进行综合预测。

首次报道华人4个EGFR预后新位点!入选AACR最新突破进展

图1 HotSpot3D的分析流程

在本研究中收集了500例NSCLC样本,应用元码基因自主研发的肺癌靶向用药全面检测panel(覆盖肺癌靶向用药相关基因的NGS检测),并通过“GENEIS-3D”进行预测分析。

首次报道华人4个EGFR预后新位点!入选AACR最新突破进展

图2 GENEIS团队本研究技术路线图

(三)研究数据和结果

元码基因收集了500例中国NSCLC样本,并对其中的350例组织样本进行体细胞突变频率检测,涉及ALK, BRAF, EGFR, HER2, KRAS, MET, NRAS, RET and ROS1等基因,测序深度为500X~1000X。

研究发现,EGFR突变占据44.75%,其中,L858R突变占据24.07%的患者,19号外显子缺失占据18.31%的患者。对于KRAS基因突变组成为:12外显子突变(10.17%), 13外显子突变(1.69%),61号外显子突变(4.07%)以及其他外显子突变(1.36%)。

表1 中国NSCLC患者常见靶向基因相关位点的突变频率统计

对于EGFR、KRAS、BRAF、ALK的阳性样本,将其突变的样本数进行分布统计,7个患者同时含有EGFR+KRAS突变,1个患者含有EGFR+BRAF突变,还有一位患者含有KRAS+ALK突变。

首次报道华人4个EGFR预后新位点!入选AACR最新突破进展

图3 4个基因在实验样本中的突变统计

元码基因应用自主开发的“GENEIS-3D”对这350个中国NSCLC患者的肿瘤测序数据进行分析,得到4个未曾报道过的EGFR突变位点,这些位点在预测中与吉非替尼、阿法替你、厄洛替尼、拉帕替尼等药物相关。

表2 最新发现的EGFR突变位点

首次报道华人4个EGFR预后新位点!入选AACR最新突破进展

元码基因使用数字PCR技术对这些样本进行检测,在组织样本中突变位点均得到验证,并发现在这4个突变存在的样本中常伴有其他常见靶向相关基因突变,有文献表明,这种突变共同存在的情况往往预后较差,该机制尚不清楚,后续的研究正在进行中。

表3 样本中ddPCR的验证结果

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(四)研究总结

1、该研究是针对中国NSCLC患者9个癌症驱动基因突变的大规模检测

2、该研究首次在中国NSCLC患者中发现并验证4个EGFR罕见突变

3、当EGFR罕见突变与其他常见突变共存时,可能预后不良。

(五)元码基因现场展示

 

首次报道华人4个EGFR预后新位点!入选AACR最新突破进展